如果说这个逻辑问题没有错的话，那么我个人认为最合理的解释就是自捏主角至少穿越了两次以上。为了叙述方便我们设为自捏主角A和自捏主角B

最初自捏主角A和主角们是处于敌对关系，并且利用暗愚王发动了对主角们的战争。

战争最后的结果和1000年前一样，自捏主角A（邪龙）失败。

因此，自捏主角A第一次穿越了时空，在穿越的同时，自己也退化到复苏前的状态，所以第一次穿越，自捏主角的意识是邪龙复苏前的人类意识。（类似于月神夜自动放弃笔记，于是恢复到见到琉克之前的状态）

而后自捏主角A在不知情的情况下加入了主角一方的队伍，并且参与了与暗愚王的长期战争，而邪术师效忠的，是处于敌对阵营的另一个自捏主角B（在历史上原本存在的自捏主角A）。

而后，在原本存在的自捏主角B按照历史穿越回去后，从另一个维度穿越而来的那个自捏主角A正好和主角对阵邪术师，也就是断章的一幕。而后这个穿越而来的自捏主角A复苏成为邪龙，杀死了主角，统治了世界。

但是，面具女在这个未来也采用了和自捏主角A一样的手法穿越到了过去，而那时穿越过来的自捏主角是B，也就是玩家操控的自捏主角。而自捏主角A担心面具女回到过去会对自身所处这段历史上穿越回去的B造成不利，甚至可能重新改变历史，于是他（她）再度跟随着面具女又穿越了一次。

然而这一次穿越就造成了历史的一个逻辑错误，那就是穿越后的历史，邪术师到底效忠的是什么人。

原本在这段历史中还应该出现一个自捏主角C，但是由于历史发生了错误，导致偏差，由自捏主角A担当了这个角色。也就是说原本在历史中存在的自捏主角被他（她）自己取代了，原本的存在变成了不存在，我觉得这才是导致自捏主角B丧失了大部分有生记忆的原因——因为之前原本应该由他完成的事在历史上被强行抹掉了，除了还认识主角们以外他实际上不存在有关于他在过去的年代复苏前的那些记忆。（而不是丧失了记忆）