在七年战争、美国独立战争和拿破仑战争期间，爱丁堡城堡中的监狱都曾关押大批战俘，后来因为有数十名囚犯成功越狱，致使城堡关闭了监狱。

不过，在一战、二战时期城堡又恢复了监狱职能，二战时曾有德国飞行员被关在这里。