微软手柄连接器本身是一个USB2.0的设备，所以它用的就是标准的USB2.0A的公头，说白了，不管你是插到主板上2.0还是3.0的口，真正起作用的就只有4根线而已。

而不管是USB3.0还是2.0，原理都类似。都是从数据线和南桥直连，地都共地，电源由输入由主板上的VCC5V，经过若干个MOS管输出到每一个USB接口，一颗MOS管可能控制一个或几个USB接口。主板设计考究点的，会将2.0和3.0的mos管分开，甚至每一个USB口都分开，小厂追求成本的，设计成一个也说不定。

你是什么主板我不确定，但你的描述2.0没问题，3.0有问题，那极有可能所有的USB3.0的接口的供电都由同一颗或同一组MOS管出来。
当然还得先明确是不是所有3.0接口都问题？如果是，那极有可能就是这个问题了。
不正常的发热通常伴随不同程度的短路，很可能是你某次用USB外设的时候因为某种原因把USB3.0供电用的MOS管给打坏了。

所以你这个问题并不是一个应用问题，而是一个故障。而故障是出在你的主板上。
你的这个经验对其他人来说并没什么参考意义，赶紧修主板去吧，否则难保不会损坏其它的USB外设。