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不可能的。绝对能按不同模拟器核心独立保存，只要保存的时候你选择针对该核心，就保存独立配置了。
但是换手柄的话另说，因为不同手柄在windows下的按键顺序都不一样，我试过360，ps2，ps3，ps4的，街机电路板，都不全数相同。
我还在研究千机变HOME下调用fba和mame的按键映射。fba的按键配置保存后感觉有点差别，保存的cps neogeo几个方案经常不能自动载入预设，我找到配置文件把preset文件，这里有通配各家的，准备直接把改好的配置贴进去试试看。mame应该没什么花头。