我查了一下相关的官方说明书和MegaSD官方论坛，大致如下：
1. 查说明书得知，外插的官方存档卡带Backup RAM Cartridge是MegaCD内置存储容量125格的16倍，从说明书上某张截图看，应是2045格；
2. 查三国志3 CD版日版说明书，该游戏的一般存档共5个文件，需占用共600格；另外武将登录用存档共1个文件，需占用31格，所以该游戏共需631格才可存档；
3. MegaSD目前仅能模拟外接存储卡253格，官方论坛也有人提出和你一样的问题，开发者表示将来会在新版固件支持更大容量的外存；
4. 目前MegaSD正式版固件最新版本号是1.03 R07 Public release，测试版固件最新版本号是1.03 R06 Testers release，目前所有可供刷新的新版固件暂时均未支持更大容量的外存。
不知有否帮到你，我的建议是先玩别的游戏，等官方更新固件。相信这个问题不多久就会解决的。
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